Skip to content

Diagnoza kliniczna za pomocą sekwencjonowania całego genomu próbki prenatalnej AD 4

2 miesiące ago

529 words

Plany dotyczące natychmiastowych operacji zostały odłożone do czasu stabilizacji, ale stan kliniczny niemowlęcia pogorszył się i zmarł w wieku 10 dni. Metody
Przestudiuj badanie
Otrzymaliśmy pisemną, świadomą zgodę od rodziców, zgodnie z protokołem projektu Genom Developmental Genome, zatwierdzonym przez Instytucjonalną Komisję Przeglądu Systemów HealthCare. Badanie rozpoczęto w styczniu 2012 r. I zakończono w marcu 2012 r.
Sekwencjonowanie i analiza
Rysunek 2. Rysunek 2. Linia czasowa sekwencji i analizy. Wyznaczenie de novo zrównoważonej translokacji początkowo zgłoszonej jako 46, XY, t (6; 8) (q13; q13) dn zostało zrewidowane, po sekwencjonowaniu DNA, do 46, XY, t (6; 8) (q13; q12. 2) dn. W etapie 1A, biblioteki skaczące o 2 kb przygotowuje się z genomowego DNA, a w etapie 1B pokazano ostateczną dystrybucję rozmiarów fragmentów. W kroku 2, masywnie równoległe, parowane na końcu 25-cyklowe sekwencjonowanie fragmentów DNA przeprowadza się na Illuminie HiSeq 2000. W etapie 3 wykonywane są analizy obliczeniowe, w tym rozproszone równoległe wyrównanie odczytów sekwencyjnych i grupowanie nieprawidłowych par odczytowych (krok 3A) oraz identyfikacja kandydujących klastrów translokacji (etap 3B). Wstawka w etapie 3B pokazuje przykład teoretycznego rozkładu odczytów obejmujących punkt przerwania translokacji na chromosomie pochodnym. W etapie 4 punkt przerwania translokacji potwierdzono za pomocą testu reakcji łańcuchowej polimerazy, a sekwencjonowanie Sanger wskazuje dokładny punkt przerwania w początkowym kariotypie. Tutaj punkt przerwania w der (8) jest opisany na podstawie odczytu sekwencji Sangera. Szczyty chromatogramu są pokazane na górze, a sekwencja nukleotydowa z fragmentu przekraczającego punkt przerwania jest pokazana poniżej, z chromosomem 8 wyróżnionym na różowo, chromosomem 6 wyróżnionym na brązowo, a sekwencja punktu przerwania z mikrohomologią między chromosomami, wyróżniona na żółto.
Sekwencjonowaliśmy sparowane końce około 220-bp fragmentów DNA rozdzielonych w przybliżeniu 2 kb sąsiadujących genomowych DNA .6,7 Cały czteroetapowy, 13-dniowy proces pokazano na Figurze 2.
W dniach do 3, genomowe DNA cięto i selekcjonowano pod względem wielkości tak, że większość fragmentów DNA wynosiła w przybliżeniu 2 kb. Te fragmenty były kołowe z adaptorami zawierającymi miejsce rozpoznawane EcoP15I i biotynylowaną tyminą. Kołowy DNA przetwarzano na fragmenty za pomocą trawienia restrykcyjnego, a fragmenty na połączeniu kolistym zachowywano przez wiązanie biotynylowanej tyminy z kulkami streptawidyny. Biblioteki genomowe odpowiednie do sekwencjonowania nowej generacji na platformie Illumina zostały utworzone z tych fragmentów (które obejmowały węzeł kolistyzacji), gdy były one związane z kulkami streptawidynowymi, dając bibliotekę fragmentów DNA z końcami oddzielonymi odległością genomu równą rozmiarowi z kołowych fragmentów (Figura 2) .7 W dniach od 4 do 8 przeprowadzono parowanie z 25 parami w dniach od 4 do 8 na pojedynczym pasie Illumina HiSeq 2000.
Podczas analiz obliczeniowych i statystycznych, w dniach od 9 do 11, odczyty zostały wyrównane z użyciem narzędzia do wyrównywania Burrows-Wheeler, pliki 8 i BAM zostały następnie przetworzone za pomocą programu C ++ (BamStat) w celu tabelarycznego statystyk mapowania i list wyjściowych anomalnych odczytów pary (tj. końce odwzorowujące dwa różne chromosomy, nieprawidłowo zwymiarowane wstawki lub nieoczekiwane orientacje nici) .7 Wykluczono artefakty mapowania i składania na podstawie naszych poprzednich eksperymentów sekwencjonowania9-11 w celu wyjaśnienia chimerycznych odczytanych par
[przypisy: lekarz urolog, stomatolog włocławek, leczenie depresji ]
[hasła pokrewne: grzechowisko, acetaminofen, kolchicyna cena ]

0 thoughts on “Diagnoza kliniczna za pomocą sekwencjonowania całego genomu próbki prenatalnej AD 4”