Skip to content

NALP1 w wielu chorobach autoimmunologicznych związanych z czerwienicą ad 5

2 tygodnie ago

515 words

Panel C pokazuje ujemny log10 wartości P z testu nierównowagi rodowodu dla 85 wariantów (83 SNP i 2 polimorfizmy insercji-delecji) genotypowanych w całym regionie NALP1 chromosomu 17p we wszystkich 114 rodzinach. Zielone kółka wskazują fenotyp bielactwa, a pomarańczowe kółka wskazują na rozszerzony fenotyp choroby autoimmunologicznej i auto-zapalnej. 18 egzonów genu strukturalnego NALP1 zaznaczono czarnymi kreskami (orientacja transkrypcji pokazana od prawej do lewej, niebieska strzałka). Panel D pokazuje parami wartości r2 dla nierównowagi sprzężeń (z ciemniejszymi polami wskazującymi silniejszą nierównowagę) wśród 19 spośród 85 markerów regionu NALP1 pokazanych w Tablicy C, które najbardziej konsekwentnie wiązały się z chorobą i dlatego były używane w warunkowych analizach logistyczno-regresyjnych, wykreślonych względem fizyczne pozycje znaczników. Gwiazdy oznaczają markery, dla których nie można było wykluczyć potencjalnych efektów niezależnych za pomocą analizy regresji. Wcześniej opisywaliśmy10 powiązanie genetyczne między locus na chromosomie 17p13 i mnogą chorobą autoimmunologiczną związaną z bielactwem, wynik uzyskany przez genotypowanie markerów mikrosatelitarnych w całym genomie w 51 rozszerzonych rodzinach (pierwsza seria). W innych rodzinach z bielactwem nie było powiązania z tym regionem chromosomalnym. 10 Wykorzystując te same dane, ale udoskonalony algorytm sprawdzania błędów, 20 maksymalny wynik punktowy dla kn wynosił 4,59 (P = 2,14 × 10-6) – poprawa w stosunku do poprzednio uzyskanego wyniku punktowego wynoszącego 4,00.10. Wynik punktowy dla punktów maksimum dla wielu punktów wystąpił przy około 4,3 cM na chromosomie 17p; region łączący obejmujący redukcję 1-jod od wartości maksymalnej (czyli regionu, który prawdopodobnie zawiera gen przyczynowo-skutkowy) osiągnął 11,3 cM (Figura 1A).
Badania oparte na rodzinach
Istnieje około 80 znanych lub przewidywanych genów w regionie 11,3-cM obejmującym pik wiązania na chromosomie 17p. Aby określić, który z tych genów najprawdopodobniej przyczyni się do wielu chorób autoimmunologicznych związanych z bielactwem, genotypowaliśmy rodziny z pierwszej serii dla 177 SNP obejmujących szczyt połączenia. Częstotliwości wszystkich SNP w założycielach i małżonkach, którzy poślubili rodzinę, były zgodne z równowagą Hardy ego-Weinberga. Analiza sprzężeń genetycznych obejmująca zarówno SNP, jak i dane mikrosatelitarne nie spowodowały znaczącego zawężenia piku powiązania (wyniki nie pokazane). Następnie przebadaliśmy alleliczne powiązanie tych SNP z samym bielactwem oraz z całą grupą chorób autoimmunologicznych i auto-zapalnych związanych z bielactwem, biorąc pod uwagę członka rodziny z którąkolwiek z tych chorób jako dotkniętą chorobą . Zastosowaliśmy zarówno test nierównowagi rodowodowej14, jak i test oparty na związkach rodzinnych 15, który przyniósł zasadniczo podobne wyniki (tabela 2 w dodatkowym dodatku). Oba testy wykazały, że 23 SNPs były związane z fenotypem bielactwa, z rozszerzonym fenotypem choroby autoimmunologicznej i autoimmunogennej, lub z obydwoma, w tym skupiskiem pięciu sąsiadujących SNP – rs2301582, rs9889625, rs3926687, rs2733359 i rs878329 – obejmujących 117 kb region (Figura 1B).
Aby ocenić odtwarzalność tych kandydujących sygnałów skojarzeniowych, przeprowadziliśmy niezależną analizę, w której genotypowaliśmy 23 znaczące SNP w drugiej serii 63 rozszerzonych rodzin z wieloma chorobami autoimmunologicznymi związanymi z bielactwem
[patrz też: rostil ulotka, urokinaza, dolmat oleśnica ]

0 thoughts on “NALP1 w wielu chorobach autoimmunologicznych związanych z czerwienicą ad 5”