Skip to content

NALP1 w wielu chorobach autoimmunologicznych związanych z czerwienicą ad 6

2 tygodnie ago

172 words

Wyniki tej analizy dostarczyły wsparcia dla skojarzenia trzech z pięciu sąsiednich SNP – rs3926687, rs2733359 i rs878329 – z fenotypem bielactwa i z rozszerzonym fenotypem choroby autoimmunologicznej i auto-zapalnej, zarówno w drugiej serii, jak i we wszystkich 114 rodzinach ( Rysunek 1B i tabela 2 w dodatkowym dodatku). Te trzy SNP o wysokim ryzyku obejmują segment 61 kb, który obejmuje proksymalny region kodujący i rozszerzony region promotorowy NALP1, który koduje kluczowy regulator wrodzonego układu odpornościowego (Figura 1C). Region genomowy wokół NALP1 jest rzadki pod względem genu; SNP położone poniżej NALP1 nie były związane z chorobą, a najbliższy gen upstream, KIAA0523, ma więcej niż 486 kb w kierunku centromeru z NALP1. Wyniki testu powiązań rodzinnych wykazały, że wstępny haplotyp zdefiniowany przez te trzy SNP (haplotype 1) miał najbardziej znaczący związek zarówno z fenotypem bielactwa i rozszerzonym fenotypem choroby autoimmunologicznej i auto-zapalnej w pierwszej serii (P = 0,01 i Odpowiednio p = 0,009), w drugiej serii (odpowiednio P = 0,03 i P = 0,02), i w obu seriach łącznie (P <0,001 dla obu porównań, iloraz szans dla bielactwa, 1,85, 95% przedział ufności [CI] 1,25 do 2,71; iloraz szans dla choroby autoimmunologicznej i auto-zapalnej, 1,79; 95% CI, 1,25 do 2,56). Spośród 177 wstępnie zbadanych SNP 98 zgrupowano w 21 blokach nierównowagi sprzężeń. W odniesieniu do korekty w przypadku wielokrotnego testowania, 177 SNP stanowiło około 100 niezależnych testów (21 bloków nierównowagi sprzężeń i 79 pozostałych SNP), z poprawioną wartością P wynoszącą 0,04 dla chorób autoimmunologicznych i autoimmunologicznych związanych z bielactwem.
Analiza sekwencji i analiza stowarzyszenia o wysokiej gęstości
Analizę sekwencji NALP1 i jej rozszerzonego regionu promotora przeprowadzono u 11 osób z bielactwem, które były homozygotami pod względem haplotypu i 4 nietkniętymi heterozygotami, które przenosiły haplotyp do co najmniej jednego dotkniętego potomstwa. Analiza dała w sumie 261 wariantów sekwencji (tabela 3 w dodatku uzupełniającym), z których 54 zostały niedawno odkryte. Zidentyfikowaliśmy również segment o długości 524 bp, którego brakowało w sekwencji ludzkiego chromosomu 17 NC, zaraz po nukleotydzie 5,466,866.
Aby dokładniej zdefiniować region genomowy NALP1, który nadaje podatność na chorobę autoimmunologiczną i auto-zapalną, genotypowaliśmy wszystkie 114 rodzin pod kątem 78 dodatkowych SNP (zidentyfikowanych za pomocą analizy sekwencji) (Figura 1C) i dwóch małych polimorfizmów insercji i delecji (Tabela 4 w Dodatek dodatkowy), wybrane na podstawie ich fizycznych pozycji, statusu znacznika SNP HapMap, częstotliwości mniejszych alleli i potencjalnego znaczenia funkcjonalnego. Częstotliwości genotypów wszystkich testowanych wariantów były zgodne z równowagą Hardy ego-Weinberga i były podobne w dwóch seriach (dane nie pokazane). Jak pokazano na Figurze 1C, wiele wariantów regionu NALP1 było związanych z bielactwem (z wartościami P w zakresie od 0,048 do <0,001 i ilorazami szans w zakresie od 1,39 do 2,08) lub z towarzyszącą chorobą autoimmunologiczną i auto-zapalną (z wartościami P w zakresie od 0,04 do <0,001). i iloraz szans w zakresie od 1,25 do 1,93), we wzorze szeroko rozłożonym w proksymalnej części genu strukturalnego NALP1 i jego rozszerzonego regionu promotora [hasła pokrewne: pruszynka białystok, bobibobi gry dla dzieci, kolchicyna cena ]

0 thoughts on “NALP1 w wielu chorobach autoimmunologicznych związanych z czerwienicą ad 6”