Skip to content

NALP1 w wielu chorobach autoimmunologicznych związanych z czerwienicą czesc 4

1 miesiąc ago

475 words

Sekwencjonowaliśmy ten sam region u 11 niespokrewnionych pacjentów, którzy byli homozygotyczni pod względem haplotypu (8 z pierwszej serii i 3 z drugiej serii). Większość z tych pacjentów miała bielactwo i co najmniej jedną inną chorobę autoimmunologiczną. Regiony zsekwencjonowane obejmowały ciągły odcinek 69,1 kb, który obejmował rozszerzony region promotora NALP1 i eksony 1, 2 i 3, a także 11 indywidualnych segmentów zawierających eksony od 4 do 18 z 90 do 500 pz sąsiadujących sekwencji intronowych. Zsekwencjonowaliśmy kilka małych intronów całkowicie. Regiony, które zsekwencjonowaliśmy, definiują pięć znanych alternatywnych splicingów izoform mangerowanego RNA NALP1 (mRNA); około 77% sekwencji określono przez analizę obu nici DNA. Pozycje nukleotydowe uzyskano z sekwencji ludzkiego genomu dla chromosomu 17 z National Center for Biotechnology Information (NCBI) (Build 36). Przewidywany efekt zastąpienia histydyny leucyną w pozycji 155 (Leu155 . His) na drugorzędowej strukturze białka NALP1 został oceniony przy użyciu serwera przewidywania struktury białka (PSIPRED) .16 Zbadaliśmy potencjalny wpływ obu alleli wszystkich wariantów regionu promotorowego na motywy wiążące czynnik transkrypcji przewidywane za pomocą oprogramowania Transcription Element Search System (TESS) 17 i rVista 2.0.18
Analiza statystyczna
Szczegóły dotyczące wstępnych analiz, analizy powiązań genetycznych i warunkowej analizy logistyczno-regresyjnej podano w Dodatku Uzupełniającym. Testowaliśmy równowagę Hardy ego-Weinberga u założycieli (najwcześniejsze określone osoby w rodowodzie) oraz u osób spoza linii, takich jak małżonkowie, we wszystkich 114 rodzinach. Obliczenia nierównowagi sprzężeń między markerami regionu NALP1 przeprowadzono za pomocą oprogramowania Haploview, 19 wersja 3.32. Obliczyliśmy również związek każdego markera z bielactwem lub z rozwiniętym fenotypem autoimmunologicznym, biorąc pod uwagę osoby dotknięte chorobą z jakąkolwiek chorobą autoimmunologiczną lub autoimmunologiczną związaną z bielactwem przy użyciu testu asocjacji opartej na rodzinie, 15 wersja 1.5.5, oraz z testem na brak równowagi rodowodowej, 14 wersja 5.1, która zapewnia łączną statystykę uwzględniającą transmisję alleli zarówno po urodzeniu potomstwa, jak iu jego potomstwa. Dane statystyczne dotyczące braku transmisji na podstawie haplotypów zostały obliczone przy użyciu rodzinnego testu powiązania, wersja 1.5.5. Wartości P mniejsze niż 0,05 uważano za wskazujące na istotność statystyczną.
Wyniki
Analiza sprzężeń genetycznych
Rysunek 1. Rysunek 1. Związek choroby autoimmunologicznej z regionem linkera chromosomu 17 i NALP1. Panel A pokazuje wyniki nieparametrycznych punktów wielopunktowych dla markerów w chromosomie 17 dla 51 rodzin multipleksowych z mnogimi chorobami autoimmunologicznymi i autoimmunologicznymi związanymi z bielactwem. Panel B pokazuje rozkład genotypów 177 polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (SNP) w całym regionie połączeń 17p, od 0,04 do 6,24 Mb, w tych samych 51 rodzinach. 23 SNPs, które były w znacznym stopniu związane z chorobą w tych 51 rodzinach (czerwone słupki i czerwone kółka) zostały następnie genotypowane w szeregu replikacyjnym z 63 podobnych rodzin (czerwone kółka wskazują SNPs, które były znacząco związane z chorobą w tych rodzinach) (patrz tabela 2 w Dodatku Uzupełniającym)
[hasła pokrewne: acetaminofen, pruszynka białystok, solphadermol ]

0 thoughts on “NALP1 w wielu chorobach autoimmunologicznych związanych z czerwienicą czesc 4”